Aides et droits › Aides financières et revenus

Aide

Congé de maladie du fonctionnaire (CMO)

Encore souvent appelé « congé de maladie ordinaire ». Le congé de maladie des fonctionnaires, pour une maladie qui empêche temporairement de travailler. Il n'ouvre pas droit aux indemnités journalières : c'est l'employeur public qui maintient tout ou partie du traitement. Les agents à temps non complet relevant du régime général font exception.

Nouvelles règles de prescription depuis le 1er septembre 2026 Les avis d'arrêt de travail des agents publics suivent désormais les règles de prescription du code de la sécurité sociale : une première prescription est en principe limitée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours. Les durées du congé de maladie ordinaire, elles, ne changent pas. Ces règles concernent les congés débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.

Sigles et termes utilisés dans cette page

conseil médical: Instance consultative de la fonction publique, saisie dans certaines situations liées aux congés pour raison de santé, à l'aptitude, au reclassement ou à l'invalidité.
invalidité: Réduction durable de la capacité de travail ou d'exercice des fonctions, reconnue selon le régime de protection sociale applicable. À ne pas confondre avec le handicap ou l'inaptitude. En savoir plus →
médecin agréé: Médecin inscrit sur une liste administrative, sollicité pour certains examens ou contrôles médicaux des agents publics : procédures de congé, d'inaptitude, ou lorsque des conditions de santé particulières sont exigées pour exercer certaines fonctions.
temps non complet: Emploi public permanent dont la durée hebdomadaire est inférieure à celle d'un temps complet. À ne pas confondre avec le temps partiel, qui est un aménagement demandé par l'agent sur un emploi à temps complet.
CMO — Congé de maladie ordinaire: Ancienne appellation du congé de maladie du fonctionnaire, toujours très employée. Accordé dans la limite de douze mois sur douze mois consécutifs, avec maintien du traitement à 90 % puis 50 %.
traitement indiciaire: Part principale de la rémunération d'un agent public, calculée à partir de son indice. Elle ne comprend ni les primes, ni l'indemnité de résidence, ni le supplément familial de traitement.

En bref

Pour qui ?: Les fonctionnaires titulaires et stagiaires des trois fonctions publiques. Les agents contractuels relèvent d'un congé distinct.
Qui décide ?: Votre administration employeuse vous place en congé, au vu de l'avis d'arrêt de travail établi par un professionnel de santé.
Qui intervient ?: Administration employeuse — décide

Selon votre situation professionnelle

Salarié du privé: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je travaille dans une entreprise privée ou une association. Ce congé est propre à la fonction publique. Un salarié du privé relève de l'arrêt de travail et des indemnités journalières du régime général.
Fonctionnaire titulaire: Cette fiche peut vous concerner Je suis titulaire dans la fonction publique.
Fonctionnaire stagiaire: Cette fiche peut vous concerner Je suis en stage avant titularisation. Le fonctionnaire stagiaire a droit au congé de maladie ordinaire. Les congés rémunérés sont pris en compte comme temps de stage dans la limite d'un dixième de la durée statutaire du stage ; au-delà, la date de fin du stage est reportée d'autant.
Agent contractuel de la fonction publique: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je travaille pour une administration, mais je ne suis pas titulaire. Les agents contractuels de droit public ont un congé de maladie, mais il obéit à d'autres règles et s'articule avec les indemnités journalières de la Sécurité sociale. Une fiche distincte lui est consacrée.
Travailleur indépendant: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis à mon compte : artisan, commerçant, profession libérale, micro-entrepreneur ou exploitant agricole. Ce congé suppose un emploi public. Un travailleur indépendant n'est pas concerné.
Sans emploi: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis demandeur d'emploi, étudiant, ou sans activité. Sans emploi public en cours, la question ne se pose pas. Elle se reposera si vous êtes recruté dans la fonction publique.
Je ne sais pas: Cela dépend de votre situation exacte Mon employeur est une administration mais j'ignore si je suis titulaire. Si vous êtes fonctionnaire, titulaire ou stagiaire, cette fiche est la vôtre. Si vous êtes agent contractuel de droit public, voyez la fiche consacrée au congé de maladie du contractuel. Votre bulletin de paie l'indique.

Dans la fonction publique, les règles diffèrent selon votre versant :

Fonction publique d'État: Ministères, rectorats, préfectures, établissements publics de l'État. Situation statutaire classique : votre administration verse la rémunération, sans coordination avec des indemnités journalières.
Fonction publique territoriale: Communes, départements, régions, CCAS, intercommunalités. Si vous êtes nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales, vous conservez ce congé mais relevez du régime général : des indemnités journalières entrent dans le calcul de votre rémunération. Le seuil d'affiliation est en principe de 28 heures par semaine, avec des seuils particuliers pour certains emplois, notamment dans l'enseignement artistique. ⚠️ Le jour de carence des agents publics et le délai de carence des indemnités journalières sont deux mécanismes distincts : les indemnités du régime général viennent ensuite en déduction ou en complément des sommes versées par votre employeur. Vous êtes en revanche exclu du congé de longue maladie et du congé de longue durée, au profit du congé de grave maladie.
Fonction publique hospitalière: Hôpitaux publics, EHPAD publics, établissements sociaux et médico-sociaux publics. Si vous êtes nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales — seuil de 28 heures par semaine —, vous conservez ce congé mais relevez du régime général pour le risque maladie. ⚠️ Le jour de carence des agents publics et le délai de carence des indemnités journalières sont deux mécanismes distincts : les indemnités du régime général viennent ensuite en déduction ou en complément des sommes versées par votre employeur. Vous êtes en revanche exclu du congé de longue maladie et du congé de longue durée, au profit du congé de grave maladie.

Ce bloc ne regarde que votre situation professionnelle : il ne dit pas si vous remplissez les autres conditions. La page reste lisible dans tous les cas.

En quelques mots

Dans le cas général, quand un fonctionnaire est malade, il n'est pas en « arrêt maladie » au sens de la Sécurité sociale : il est placé en congé de maladie par son administration, qui continue de le payer.

Certains fonctionnaires territoriaux ou hospitaliers nommés sur un emploi à temps non complet relèvent toutefois aussi du régime général : pour eux, les deux logiques se combinent.

Vous pouvez être en congé de maladie ordinaire jusqu'à 12 mois au total sur une période de 12 mois qui se déplace avec le temps.

Votre traitement est maintenu à 90 % pendant les trois premiers mois, puis à 50 % pendant les neuf suivants.

⚠️ Ce n'est pas votre employeur qui décide si vous êtes malade : c'est le professionnel de santé qui prescrit l'arrêt. Mais c'est votre administration qui vous place en congé et qui vous paie.

Qui peut en bénéficier ?

⚠️ Le congé de maladie ordinaire n'est pas un arrêt de travail du régime général. Un fonctionnaire ne perçoit en principe pas d'indemnités journalières de la Sécurité sociale : son employeur public maintient son traitement, en tout ou partie. La confusion est fréquente, y compris chez les employeurs.

⚠️ Exception : le fonctionnaire nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales relève, lui, du régime général. Il garde son congé statutaire, mais des indemnités journalières entrent dans le calcul de sa rémunération.

COMBIEN DE TEMPS

Le droit est de 12 mois au maximum sur une période de 12 mois consécutifs. Cette période est glissante : elle se recompte à chaque nouvel arrêt, en regardant les 12 mois qui précèdent. Ce n'est donc pas un compteur qui se remet à zéro au 1er janvier.

CE QUE VOUS TOUCHEZ

Le traitement indiciaire est maintenu à 90 % pendant les trois premiers mois de droits, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants. Le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence, eux, restent versés en totalité pendant toute la durée du congé.

⚠️ Le premier jour de congé de maladie ordinaire n'est en principe pas rémunéré : c'est le jour de carence. Des exceptions sont prévues par la loi, et il ne s'applique ni au congé de longue maladie, ni au congé de longue durée, ni au congé de grave maladie.

QUAND LE CONSEIL MÉDICAL INTERVIENT

Pas à chaque arrêt, contrairement à une idée répandue. Il intervient notamment lorsque vous avez épuisé vos 12 mois de droits sur 12 mois consécutifs : la reprise des fonctions à l'issue du dernier congé suppose alors son avis favorable.

Si cet avis est défavorable, d'autres situations prennent le relais selon les cas : disponibilité d'office pour raison de santé, période de préparation au reclassement et reclassement, ou retraite pour invalidité.

L'AVIS D'ARRÊT DEPUIS LE 1er SEPTEMBRE 2026

Votre avis d'arrêt obéit désormais aux règles de prescription du code de la sécurité sociale : une première prescription est en principe limitée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours, sauf dérogation médicalement justifiée sur la prescription. Ces plafonds portent sur chaque prescription, pas sur la durée de vos droits à congé, qui restent de 12 mois.

⚠️ Ces plafonds de 31 et 62 jours ne s'appliquent pas à Mayotte.

⚠️ En télémédecine, les règles sont plus strictes : la prescription ou le premier renouvellement est en principe limité à 3 jours, et les renouvellements suivants ne peuvent normalement pas être faits à distance. Des exceptions existent.

LE CONTRÔLE ADMINISTRATIF DE PRÉSENCE

Depuis le 1er septembre 2026, votre administration peut faire procéder à un contrôle de votre présence à votre domicile ou à votre lieu de repos, en dehors des sorties autorisées ou pendant les heures où votre présence est obligatoire. Une absence injustifiée, ou le refus de vous soumettre au contrôle, peut interrompre le versement de votre rémunération.

SI LA MALADIE SE PROLONGE

Certaines affections ouvrent d'autres congés, plus longs et mieux rémunérés : le congé de longue maladie, et pour cinq catégories de maladies le congé de longue durée. Il vaut mieux les demander en connaissance de cause que de laisser filer les 12 mois du congé de maladie ordinaire.

⚠️ Congé de maladie ordinaire et arrêt de travail du régime général ne se confondent pas. Le premier est un congé statutaire payé par l'employeur public ; le second ouvre droit à des indemnités journalières versées par une caisse. Un même certificat médical peut déclencher l'un ou l'autre selon votre statut.

⚠️ Un fonctionnaire nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales relève du régime général tout en conservant son droit au congé de maladie ordinaire. Sa situation combine les deux logiques : l'employeur public verse la rémunération, et les indemnités journalières de la Sécurité sociale viennent en déduction ou en complément selon les cas. Voyez avec votre service des ressources humaines.

⚠️ Ces mêmes agents sont en revanche exclus du congé de longue maladie et du congé de longue durée : c'est le congé de grave maladie qui leur est ouvert.

Comment faire ?

Faites établir un avis d'arrêt de travail
Par un professionnel de santé habilité. Depuis le 1er septembre 2026, la durée de la prescription obéit aux mêmes plafonds que dans le secteur privé.
Transmettez-le à votre administration sous 48 heures
C'est votre employeur, et non une caisse, qui vous place en congé. Un premier retard donne lieu à une information ; un nouveau retard dans les vingt-quatre mois peut faire réduire de moitié la rémunération correspondant à la période de retard. Des exceptions sont prévues, notamment en cas d'hospitalisation ou d'impossibilité justifiée.
Délai : 48 heures
Répondez aux contrôles éventuels
Votre administration peut vous faire examiner à tout moment par un médecin agréé. Après six mois consécutifs de congé de maladie, un contrôle médical doit avoir lieu au moins une fois. Refuser cet examen peut interrompre le versement de votre rémunération.
Préparez la reprise, surtout après un congé long
Si vos 12 mois de droits sont épuisés, la reprise suppose l'avis favorable du conseil médical. Anticipez : cet avis prend du temps.

Documents à préparer

L'avis d'arrêt de travail S'il est établi sur papier, transmettez les volets 2 et 3 à votre administration et conservez le volet 1 : c'est celui que vous présenterez au médecin agréé en cas de contrôle. Votre employeur n'a pas à connaître le motif médical.
Les pièces demandées par le conseil médical, le cas échéant (obligatoire si vous êtes concerné) Elles vous sont réclamées par courrier, avec un délai. Ne le laissez pas passer.

Combien ?

Le traitement indiciaire est maintenu à 90 % pendant trois mois, puis à 50 % pendant neuf mois. Le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence sont maintenus en totalité.

⚠️ Les primes et indemnités suivent des règles distinctes, et elles diffèrent selon le versant. Dans la fonction publique de l'État, celles qui relèvent du décret applicable suivent en principe le sort du traitement. Dans la fonction publique territoriale, il n'existe pas de règle nationale unique : le régime indemnitaire est fixé par délibération de la collectivité, dans les limites de celui de l'État. Demandez à votre service des ressources humaines ce que prévoit le vôtre.

En cas de refus

Deux choses différentes se contestent, et pas au même endroit.

L'avis du conseil médical en formation restreinte peut être contesté devant le Conseil médical supérieur, dans les deux mois suivant sa notification.

La décision prise ensuite par votre administration — refus de congé, fin des droits, refus de reprise — se conteste selon les voies et délais indiqués sur cette décision, le cas échéant devant le tribunal administratif.

⚠️ Lisez la notification : c'est elle qui fait courir le délai, et non la date à laquelle vous avez appris la nouvelle.

À ne pas confondre

Congé de maladie du fonctionnaire et Arrêt de travail et indemnités journalières : ce n'est pas la même chose.

Le premier est un congé statutaire payé par l'employeur public ; le second ouvre droit à des indemnités journalières versées par une caisse. Certains fonctionnaires territoriaux ou hospitaliers à temps non complet conservent leur congé statutaire tout en relevant aussi du régime général.

Lire la fiche Arrêt de travail et indemnités journalières

Sources

Code général de la fonction publique, congé de maladie — Légifrance (CGFP art. L. 822-2)
Code général de la fonction publique, rémunération du congé de maladie — Légifrance (CGFP art. L. 822-3)
Code général de la fonction publique, congés pour raison de santé — Légifrance (CGFP art. L. 822-1 à L. 822-30)
Décret relatif aux médecins agréés, aux conseils médicaux et au régime de congés de maladie des fonctionnaires de l'État — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 7, 25 et 27)
Décret relatif aux conseils médicaux et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux — Légifrance (Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, art. 5, 15 et 17)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, transmission de l'avis d'arrêt — Légifrance (Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, art. 15)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, transmission et retard — Légifrance (Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, titre III)
Décret relatif aux conditions d'aptitude physique et aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière — Légifrance (Décret n° 88-386 du 19 avril 1988, art. 7, 15 et 17)
Décret déterminant le seuil d'affiliation à la CNRACL des fonctionnaires territoriaux à temps non complet — Légifrance (Décret n° 2022-244 du 25 février 2022, art. 1 et 1-1)
Décret fixant le seuil d'heures minimal pour l'affiliation des fonctionnaires hospitaliers à temps non complet à la CNRACL — Légifrance (Décret n° 2022-754 du 29 avril 2022)
Loi de finances pour 2018, jour de carence des agents publics — Légifrance (Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, art. 115)
Décret relatif aux fonctionnaires territoriaux à temps non complet, protection sociale — Légifrance (Décret n° 91-298 du 20 mars 1991, art. 34, 35 et 38)
Décret relatif aux fonctionnaires à temps non complet dans la fonction publique hospitalière — Légifrance (Décret n° 2020-791 du 26 juin 2020, art. 9 à 13)
Code général de la fonction publique, prise en compte des congés dans la durée du stage — Légifrance (CGFP art. R. 327-59)
Décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires — Légifrance (Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026), mise à jour du 29 juillet 2026
Décret relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail — Légifrance (Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026), mise à jour du 12 juin 2026
Code de la santé publique, télémédecine et durée des arrêts prescrits à distance — Légifrance (CSP art. L. 6316-1), mise à jour du 27 juin 2026
Rectificatif au décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics — Légifrance (Rectificatif du 8 août 2026), mise à jour du 8 août 2026
Décret relatif au maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État dans certaines situations de congés — Légifrance (Décret n° 2010-997 du 26 août 2010, art. 1)
Code général de la fonction publique, régimes indemnitaires dans la fonction publique territoriale — Légifrance (CGFP art. L. 714-4 à L. 714-13)
Congés pour raison de santé — Portail de la fonction publique

Ces liens s'ouvrent dans un nouvel onglet.

Information vérifiée le 29 août 2026. Information vérifiée à la date indiquée. En cas de doute, la source officielle fait foi.

Glossaire des sigles et des termes →

Ce module d'information ne remplace pas un conseil personnalisé. Les organismes cités restent seuls compétents pour instruire vos demandes.