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Arrêt de travail et indemnités journalières

Quand votre santé vous empêche de travailler, un professionnel de santé peut prescrire un arrêt. L'Assurance maladie peut alors verser des indemnités journalières, qui remplacent une partie de votre revenu, si vous remplissez les conditions.

Nouvelles règles depuis le 1er septembre 2026 Une première prescription d'arrêt de travail est en principe limitée à 31 jours, et chaque prolongation à 62 jours. Ces plafonds portent sur chaque prescription, pas sur la durée totale de votre arrêt : une durée supérieure reste possible lorsqu'elle est médicalement justifiée. Ils s'appliquent aux arrêts prescrits ou prolongés à compter du 1er septembre 2026, et ne s'appliquent pas à Mayotte.
Sigles et termes utilisés dans cette page
ALD — Affection de longue durée
Reconnaissance par l'Assurance maladie qu'une maladie nécessite des soins prolongés. En savoir plus →
CPAM — Caisse primaire d'assurance maladie
Organisme local de l'Assurance maladie, qui gère vos remboursements de soins.
MSA — Mutualité sociale agricole
Organisme de protection sociale des salariés et exploitants agricoles, équivalent de la CPAM.
service médical
Service de l'Assurance maladie composé notamment de médecins-conseils, qui évalue les demandes nécessitant un avis médical.
invalidité
Réduction durable de la capacité de travail ou d'exercice des fonctions, reconnue selon le régime de protection sociale applicable. À ne pas confondre avec le handicap ou l'inaptitude. En savoir plus →
inaptitude
Impossibilité médicale d'exercer son emploi ou certaines fonctions. Les règles et l'autorité compétente diffèrent selon que vous travaillez dans le privé ou dans la fonction publique. En savoir plus →
temps non complet
Emploi public permanent dont la durée hebdomadaire est inférieure à celle d'un temps complet. À ne pas confondre avec le temps partiel, qui est un aménagement demandé par l'agent sur un emploi à temps complet.

En bref

Pour qui ?
Les salariés du privé et, sous conditions, les demandeurs d'emploi. Certains agents publics relèvent aussi du régime général. Les travailleurs indépendants ont des règles propres.
Qui décide ?
Le professionnel de santé prescrit l'arrêt. Votre caisse primaire d'assurance maladie (CPAM), ou la Mutualité sociale agricole (MSA) si vous relevez du régime agricole, décide du versement.
Qui intervient ?
Professionnel de santé prescripteur — prescrit
Mutualité sociale agricole (MSA) — décide et verse
Caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) — décide et verse
Selon votre situation professionnelle
Salarié du privé
Cette fiche peut vous concerner Je travaille dans une entreprise privée ou une association.
Fonctionnaire titulaire
Cela dépend de votre situation exacte Je suis titulaire dans la fonction publique. En règle générale, votre rémunération pendant un arrêt relève du congé de maladie statutaire, pas des indemnités journalières. Mais un fonctionnaire nommé sur un emploi à temps non complet de moins de 28 heures par semaine relève du régime général : c'est le cas dans la fonction publique territoriale comme dans la fonction publique hospitalière.
Fonctionnaire stagiaire
Cela dépend de votre situation exacte Je suis en stage avant titularisation. Même réserve que pour les titulaires. Dans la fonction publique territoriale, le stagiaire nommé sur un emploi à temps non complet de moins de 28 heures relève de la même protection sociale que le titulaire dans la même situation. Dans les autres versants, vérifiez auprès de votre service des ressources humaines.
Agent contractuel de la fonction publique
Cela dépend de votre situation exacte Je travaille pour une administration, mais je ne suis pas titulaire. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale s'appliquent, mais votre administration peut aussi maintenir une partie de votre rémunération, selon votre ancienneté et votre versant.
Travailleur indépendant
Cela dépend de votre situation exacte Je suis à mon compte : artisan, commerçant, profession libérale, micro-entrepreneur ou exploitant agricole. Des indemnités journalières existent pour les travailleurs indépendants, mais leurs conditions d'ouverture, leur calcul et leur durée diffèrent de ce qui est décrit ici. Une fiche dédiée est en préparation : ne transposez pas.
Sans emploi
Cela dépend de votre situation exacte Je suis demandeur d'emploi, étudiant, ou sans activité. Des indemnités journalières peuvent être dues au titre de votre activité antérieure. Elles ne se cumulent pas avec l'allocation chômage : pendant l'arrêt, elles la remplacent. À Mayotte, les personnes sans emploi ne bénéficient pas de ces indemnités journalières maladie.
Je ne sais pas
Cela dépend de votre situation exacte Mon employeur est une administration mais j'ignore si je suis titulaire. Commencez par déterminer si vous êtes fonctionnaire ou agent contractuel : votre bulletin de paie l'indique. Pour un fonctionnaire, la durée hebdomadaire de votre emploi compte aussi.

Ce bloc ne regarde que votre situation professionnelle : il ne dit pas si vous remplissez les autres conditions. La page reste lisible dans tous les cas.

En quelques mots

Un arrêt de travail est prescrit par un professionnel de santé habilité, quand votre état de santé ne vous permet pas de travailler.

Pendant l'arrêt, l'Assurance maladie peut verser des indemnités journalières, qui compensent une partie de la perte de revenu. Selon votre situation, votre employeur complète votre rémunération, ou reçoit directement ces indemnités à votre place.

⚠️ Vous avez 48 heures pour transmettre les documents qui vous reviennent. À l'Assurance maladie, un premier retard entraîne normalement un simple rappel ; ce sont les retards répétés qui peuvent réduire vos indemnités.

Depuis le 1er septembre 2026, un premier arrêt est écrit pour 31 jours au plus. Ce n'est pas la durée maximale de votre arrêt : il peut être prolongé si votre état de santé le justifie. D'autres règles déterminent pendant combien de temps les indemnités peuvent être versées.

Qui peut en bénéficier ?

⚠️ Un arrêt de travail n'est pas une décision administrative que vous demandez : c'est une prescription médicale. Ce qui se demande, ce sont les indemnités journalières, et elles ne sont versées que si plusieurs conditions sont réunies.

QUI PEUT ÊTRE INDEMNISÉ

Les salariés du privé, dès lors qu'ils justifient d'une activité suffisante avant l'arrêt. La durée d'activité exigée est plus longue au-delà de six mois d'arrêt : c'est le moment où beaucoup de situations basculent.

Les demandeurs d'emploi peuvent également percevoir des indemnités journalières, lorsque leurs droits sont ouverts au titre de leur activité antérieure. Elles remplacent alors l'allocation chômage pendant l'arrêt.

⚠️ À Mayotte, la règle est différente : une personne sans emploi ne peut pas percevoir d'indemnités journalières en cas d'arrêt maladie.

En principe, les trois premiers jours de l'arrêt ne donnent pas lieu au versement d'indemnités journalières par l'Assurance maladie : c'est le délai de carence. Des exceptions existent, et votre employeur ou votre convention collective peuvent maintenir tout ou partie de votre rémunération sur ces jours.

CE QUI A CHANGÉ LE 1er SEPTEMBRE 2026

Une première prescription d'arrêt est en principe établie pour 31 jours au plus, et chaque prolongation pour 62 jours au plus. Ces plafonds visent les arrêts prescrits par un médecin, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste.

⚠️ Ces plafonds ne fixent NI la durée totale de votre arrêt, NI la durée maximale pendant laquelle des indemnités journalières peuvent vous être versées : ces durées obéissent à d'autres règles, notamment selon que votre situation relève ou non d'une affection de longue durée. Ce sont des plafonds par prescription : quand le plafond est atteint, le professionnel de santé peut prescrire à nouveau. Si votre état de santé le justifie, il peut même dépasser ces durées, en motivant cette nécessité sur la prescription elle-même, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu'elles existent.

⚠️ À Mayotte, ces plafonds de 31 et 62 jours ne s'appliquent pas.

CAS PARTICULIER : L'ARRÊT PRESCRIT À DISTANCE

Les règles y sont plus strictes, et ce sont deux mécanismes différents qu'il ne faut pas confondre avec les plafonds ci-dessus. Une prescription ou un premier renouvellement établi en télémédecine est en principe limité à 3 jours, et les renouvellements suivants ne peuvent normalement pas être faits à distance. Des exceptions existent, notamment avec votre médecin traitant ou votre sage-femme référente, ou lorsqu'il est impossible, de manière dûment justifiée, d'obtenir une prolongation en présentiel.

Une prescription établie avant le 1er septembre 2026 n'est pas remise en cause. En revanche, toute prolongation établie à compter du 1er septembre l'est : un arrêt commencé le 20 août échappe au plafond pour sa prescription initiale, mais sa prolongation prescrite le 5 septembre y est soumise.

Pour une prolongation de longue durée, le professionnel de santé peut solliciter l'avis du service médical de l'Assurance maladie : le seuil réglementaire de renouvellement est fixé à trois mois.

SI L'ARRÊT SE PROLONGE

Au-delà de six mois consécutifs, la poursuite des indemnités journalières suppose l'accord du service médical de l'Assurance maladie, et doit rester médicalement justifiée.

Parmi les suites possibles figurent la reprise, éventuellement à temps partiel pour raison thérapeutique ; la reconnaissance d'une invalidité, dont la pension peut prendre le relais des indemnités journalières ; ou une inaptitude constatée par le médecin du travail, qui porte sur votre poste et non sur vos ressources.

Si votre arrêt est lié à une affection de longue durée (ALD), les règles de durée d'indemnisation sont différentes et plus favorables.

⚠️ Arrêt de travail et invalidité ne sont pas la même chose. L'arrêt indemnise une incapacité temporaire ; l'invalidité reconnaît une réduction durable de la capacité de travail et donne une pension. On passe parfois de l'un à l'autre, mais ce sont deux décisions distinctes.

⚠️ Arrêt de travail et inaptitude non plus. L'inaptitude est prononcée par le médecin du travail et porte sur votre poste. Être en arrêt ne rend pas inapte, et être déclaré inapte ne met pas en arrêt.

⚠️ La maladie professionnelle et l'accident du travail suivent un régime distinct, plus favorable, avec d'autres délais et d'autres formulaires. Cette fiche ne les traite pas.

Comment faire ?

  1. Consultez un professionnel de santé
    C'est le professionnel de santé qui apprécie si votre état justifie un arrêt, et pour combien de temps. Plusieurs professions peuvent en prescrire, chacune dans son champ de compétence.
  2. Transmettez votre arrêt sous 48 heures
    S'il est télétransmis, il vous reste à envoyer le volet qui vous est destiné : à votre employeur si vous êtes salarié, à France Travail si vous êtes demandeur d'emploi. S'il est sur papier, envoyez aussi les volets destinés à votre caisse. À l'Assurance maladie, un premier retard donne lieu à un rappel et ce sont les retards répétés qui peuvent réduire les indemnités ; un arrêt jamais transmis avant sa fin n'est pas indemnisé. Si vous relevez de la Mutualité sociale agricole, vérifiez ses propres règles.
    Délai : 48 heures
  3. Respectez les obligations pendant l'arrêt
    Respectez les horaires de présence indiqués sur votre arrêt et répondez aux convocations de la caisse. Si vous séjournez temporairement à une autre adresse, signalez à l'Assurance maladie celle où vous pouvez être contrôlé. ⚠️ Si vous relevez de la Mutualité sociale agricole, une autorisation préalable reste prévue pour séjourner hors de votre département : vérifiez la procédure auprès de votre caisse. Un séjour à l'étranger peut demander des démarches supplémentaires.
  4. Demandez la prolongation avant la fin
    La prolongation est en principe prescrite par le médecin qui a établi l'arrêt initial, par votre médecin traitant ou, dans leur champ de compétence, par une sage-femme ou un chirurgien-dentiste. D'autres situations sont admises lorsqu'une impossibilité est dûment justifiée. Ne laissez pas de trou entre deux prescriptions.
  5. Préparez la reprise
    Une visite de préreprise peut être demandée dès un mois d'arrêt, auprès du médecin du travail. Elle permet d'anticiper un aménagement plutôt que de le découvrir le jour du retour.

Documents à préparer

Combien ?

L'indemnité journalière est calculée à partir de vos salaires des mois précédant l'arrêt, dans la limite d'un plafond. Elle ne remplace pas la totalité du salaire.

⚠️ Cette fiche ne donne volontairement aucun montant. Le plafond de l'indemnité journalière et le salaire de référence suivent des paramètres revalorisés régulièrement, et ils ont été modifiés récemment : un chiffre recopié serait faux à brève échéance. Le montant exact figure sur votre décompte, et le simulateur de l'Assurance maladie donne une estimation à jour.

⚠️ Si vous êtes salarié, c'est votre employeur, et non vous, qui transmet l'attestation de salaire à votre caisse. C'est elle qui déclenche le calcul : si le versement tarde, vérifiez auprès de lui qu'elle a bien été envoyée.

Beaucoup de salariés perçoivent en plus un maintien de salaire de leur employeur, prévu par la loi, la convention collective ou un contrat de prévoyance. C'est souvent lui qui fait la différence, et il obéit à ses propres conditions d'ancienneté.

En cas de refus

Si l'Assurance maladie refuse de vous indemniser, réduit vos indemnités ou les interrompt, la décision doit vous être notifiée et mentionner les voies de recours.

Si la décision est d'ordre administratif, le recours se fait d'abord auprès de la commission de recours amiable de votre caisse, dans les deux mois suivant la notification. Ce passage préalable est obligatoire avant toute action devant le tribunal judiciaire, pôle social.

⚠️ Une contestation d'ordre médical — la durée de l'arrêt, l'appréciation de votre état de santé — ne suit pas le même chemin : le recours préalable se fait auprès de la commission médicale de recours amiable. Le délai est également de deux mois. Lisez la notification : elle indique lequel des deux recours s'applique, et à quelle adresse l'envoyer.

Après une suspension des indemnités journalières, une nouvelle prescription établie dans les dix jours francs ne suffit pas à faire reprendre le versement : l'avis du service du contrôle médical est alors nécessaire.

À ne pas confondre

Arrêt de travail et indemnités journalières et Invalidité et pension d'invalidité (Assurance maladie) : ce n'est pas la même chose.

L'arrêt de travail indemnise une incapacité temporaire. L'invalidité reconnaît une réduction durable de la capacité de travail et donne une pension. Un arrêt qui se prolonge peut conduire à un examen d'invalidité, mais ce sont deux décisions distinctes.

Lire la fiche Invalidité et pension d'invalidité (Assurance maladie)

Arrêt de travail et indemnités journalières et Inaptitude au poste de travail : ce n'est pas la même chose.

L'arrêt de travail porte sur votre état de santé et vos ressources. L'inaptitude est prononcée par le médecin du travail et porte sur votre poste. Être en arrêt ne rend pas inapte.

Lire la fiche Inaptitude au poste de travail

Peut se cumuler avec

Affection de longue durée

Si votre arrêt est lié à une affection de longue durée, les règles de durée d'indemnisation sont différentes et plus favorables.

Sources

Ces liens s'ouvrent dans un nouvel onglet.

Information vérifiée le 29 août 2026. Information vérifiée à la date indiquée. En cas de doute, la source officielle fait foi.

Glossaire des sigles et des termes →

Ce module d'information ne remplace pas un conseil personnalisé. Les organismes cités restent seuls compétents pour instruire vos demandes.