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Congé de longue maladie (CLM)

Un congé de trois ans au maximum, pour une maladie qui rend nécessaire un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant. Il est mieux rémunéré et plus long que le congé de maladie ordinaire.

Le conseil médical n'est plus saisi automatiquement à la fin de la période à plein traitement Depuis le 1er septembre 2026, la saisine systématique du conseil médical pour le seul renouvellement du congé après la période à plein traitement est supprimée dans les trois fonctions publiques. Son avis reste requis pour la première attribution du congé et dans plusieurs autres situations. Par ailleurs, les avis d'arrêt suivent désormais les règles de prescription du code de la sécurité sociale.

Sigles et termes utilisés dans cette page

CNRACL — Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales: Caisse de retraite des fonctionnaires territoriaux et hospitaliers. Pour certains agents à temps non complet, l'affiliation détermine le régime de congés.
conseil médical: Instance consultative de la fonction publique, saisie dans certaines situations liées aux congés pour raison de santé, à l'aptitude, au reclassement ou à l'invalidité.
invalidité: Réduction durable de la capacité de travail ou d'exercice des fonctions, reconnue selon le régime de protection sociale applicable. À ne pas confondre avec le handicap ou l'inaptitude. En savoir plus →
médecin agréé: Médecin inscrit sur une liste administrative, sollicité pour certains examens ou contrôles médicaux des agents publics : procédures de congé, d'inaptitude, ou lorsque des conditions de santé particulières sont exigées pour exercer certaines fonctions.
temps non complet: Emploi public permanent dont la durée hebdomadaire est inférieure à celle d'un temps complet. À ne pas confondre avec le temps partiel, qui est un aménagement demandé par l'agent sur un emploi à temps complet.
plein traitement: Maintien de la totalité du traitement indiciaire pendant un congé. Le demi-traitement en désigne la moitié : les primes et indemnités, elles, suivent des règles propres.
demi-traitement: Moitié du traitement indiciaire, versée pendant certaines périodes de congé pour raison de santé. Les primes et le supplément familial obéissent à des règles distinctes.
traitement indiciaire: Part principale de la rémunération d'un agent public, calculée à partir de son indice. Elle ne comprend ni les primes, ni l'indemnité de résidence, ni le supplément familial de traitement.
CLM — Congé de longue maladie: Congé de trois ans au maximum accordé au fonctionnaire dont la maladie exige un traitement prolongé et présente un caractère invalidant.

En bref

Pour qui ?: Les fonctionnaires titulaires et stagiaires des trois fonctions publiques, sous réserve de leur affiliation. Certains agents à temps non complet et les agents contractuels relèvent du congé de grave maladie.
Qui décide ?: Votre administration employeuse, après avis du conseil médical pour la première attribution du congé.
Qui intervient ?: Conseil médical — donne un avis
Administration employeuse — décide

Selon votre situation professionnelle

Salarié du privé: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je travaille dans une entreprise privée ou une association. Ce congé est propre à la fonction publique. Un salarié du privé relève de l'arrêt de travail et, le cas échéant, de la pension d'invalidité.
Fonctionnaire titulaire: Cela dépend de votre situation exacte Je suis titulaire dans la fonction publique. Oui dans le cas général. ⚠️ Mais un fonctionnaire territorial ou hospitalier nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales est exclu de ce congé : il relève du congé de grave maladie, de trois ans, avec un an à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.
Fonctionnaire stagiaire: Cela dépend de votre situation exacte Je suis en stage avant titularisation. Les congés rémunérés comptent comme temps de stage dans la limite d'un dixième de sa durée statutaire ; au-delà, la fin du stage est reportée. ⚠️ Un stagiaire territorial ou hospitalier à temps non complet non affilié à la CNRACL en est exclu : il relève du congé de grave maladie.
Agent contractuel de la fonction publique: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je travaille pour une administration, mais je ne suis pas titulaire. Les agents contractuels de droit public relèvent du congé de grave maladie, qui obéit à d'autres règles. Une fiche distincte lui est consacrée.
Travailleur indépendant: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis à mon compte : artisan, commerçant, profession libérale, micro-entrepreneur ou exploitant agricole. Ce congé suppose un emploi public. Un travailleur indépendant n'est pas concerné.
Sans emploi: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis demandeur d'emploi, étudiant, ou sans activité. Sans emploi public en cours, la question ne se pose pas.
Je ne sais pas: Cela dépend de votre situation exacte Mon employeur est une administration mais j'ignore si je suis titulaire. Si vous êtes fonctionnaire titulaire ou stagiaire, cette fiche peut vous concerner. Votre versant détermine le taux des deuxième et troisième années. Pour certains emplois à temps non complet, votre affiliation ou non à la CNRACL décide entre ce congé et le congé de grave maladie.

Dans la fonction publique, les règles diffèrent selon votre versant :

Fonction publique d'État: Ministères, rectorats, préfectures, établissements publics de l'État. Le traitement est maintenu en totalité pendant un an, puis à 60 % pendant deux ans. Les primes relevant du décret applicable sont maintenues à 33 % la première année, puis à 60 % les deux suivantes. Depuis le 1er septembre 2026, certaines majorations et indexations liées à une affectation outre-mer suivent également la proportion du traitement. Si la demande est présentée pendant un congé de maladie, la première période de congé de longue maladie remonte au jour de la première constatation médicale et s'impute sur les trois ans.
Fonction publique territoriale: Communes, départements, régions, CCAS, intercommunalités. Le traitement est maintenu en totalité pendant un an, puis à 50 % pendant deux ans. Le régime indemnitaire n'obéit pas à une règle nationale unique : il est fixé par délibération de votre collectivité, dans les limites de celui de l'État. ⚠️ Un fonctionnaire nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales est exclu de ce congé et relève du congé de grave maladie. Le seuil d'affiliation est en principe de 28 heures par semaine, avec des seuils particuliers pour certains emplois, notamment dans l'enseignement artistique. Si la demande est présentée pendant un congé de maladie, la première période de congé de longue maladie remonte au jour de la première constatation médicale et s'impute sur les trois ans.
Fonction publique hospitalière: Hôpitaux publics, EHPAD publics, établissements sociaux et médico-sociaux publics. Le traitement est maintenu en totalité pendant un an, puis à 50 % pendant deux ans. ⚠️ Un fonctionnaire nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales — seuil de 28 heures par semaine — est exclu de ce congé et relève du congé de grave maladie. ⚠️ Le texte hospitalier ne reprend pas la règle des deux autres versants sur le point de départ du congé : il vise une demande présentée pendant un congé de longue maladie, et non pendant un congé de maladie ordinaire.

Ce bloc ne regarde que votre situation professionnelle : il ne dit pas si vous remplissez les autres conditions. La page reste lisible dans tous les cas.

En quelques mots

Quand une maladie demande des soins longs et vous empêche durablement de travailler, le congé de maladie ordinaire — 12 mois au plus — peut ne pas suffire.

Le congé de longue maladie va jusqu'à trois ans. La première année, votre traitement est maintenu en totalité. Les deux années suivantes, il est réduit : à 60 % si vous travaillez pour l'État, à 50 % dans la fonction publique territoriale et hospitalière.

Le conseil médical donne son avis avant la première attribution. En général, c'est vous qui demandez ce congé, mais votre administration peut aussi saisir le conseil médical de sa propre initiative.

Qui peut en bénéficier ?

Le congé de longue maladie s'adresse au fonctionnaire dont la maladie rend nécessaire un traitement et des soins prolongés, et présente un caractère invalidant. Il n'existe pas de liste fermée de maladies : c'est la situation qui est appréciée.

COMBIEN DE TEMPS

Trois ans au maximum.

Le congé est accordé, puis renouvelé, dans la limite de six mois à chaque fois. ⚠️ Cette limite de six mois est celle de la période de congé, pas celle de l'avis médical qui la justifie : depuis le 1er septembre 2026, cet avis obéit lui-même aux règles de prescription du code de la sécurité sociale — 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour une prolongation, sauf dérogation médicalement justifiée.

⚠️ Ces plafonds de 31 et 62 jours ne s'appliquent pas à Mayotte.

⚠️ En télémédecine, les règles sont plus strictes : la prescription ou le premier renouvellement est en principe limité à 3 jours, et les renouvellements suivants ne peuvent normalement pas être faits à distance. Des exceptions existent.

⚠️ Après avoir épuisé ces trois ans, vous ne pouvez obtenir un nouveau congé de longue maladie qu'après avoir repris vos fonctions pendant au moins un an.

VOUS N'AVEZ PAS À ÉPUISER VOS DROITS À CONGÉ DE MALADIE ORDINAIRE D'ABORD

C'est une idée reçue tenace : rien ne vous oblige à attendre d'avoir épuisé vos douze mois de congé de maladie ordinaire pour demander un congé de longue maladie.

⚠️ Ce qui se passe alors dépend de votre versant, et la différence est réelle. Dans la fonction publique de l'État et dans la fonction publique territoriale, si la demande est présentée alors que vous êtes déjà en congé de maladie, la première période de congé de longue maladie remonte au jour de la première constatation médicale de la maladie. ⚠️ La période déjà écoulée est donc intégrée au congé de longue maladie et s'impute sur sa durée maximale de trois ans : elle n'est pas ajoutée avant elle. Le texte hospitalier est rédigé autrement et ne prévoit pas la même règle dans ce cas. Voyez la précision correspondant à votre versant.

QUAND LE CONSEIL MÉDICAL INTERVIENT

Pour la première attribution du congé, son avis est requis. Il l'est aussi à l'expiration de vos droits, dans certaines situations de reprise, de disponibilité d'office pour raison de santé ou de reclassement, ainsi qu'en cas de contestation de certains avis du médecin agréé.

⚠️ En revanche, depuis le 1er septembre 2026, il n'est plus systématiquement saisi pour le seul renouvellement du congé après la fin de la période à plein traitement. Si vous entrez dans votre deuxième année, n'attendez donc pas une convocation qui n'est plus juridiquement obligatoire : c'est l'avis d'arrêt qui commande.

Pendant le congé, un contrôle par un médecin agréé intervient au moins une fois par an.

LE CONTRÔLE ADMINISTRATIF DE PRÉSENCE

Depuis le 1er septembre 2026, votre administration peut faire procéder à un contrôle de votre présence à votre domicile ou à votre lieu de repos, en dehors des sorties autorisées ou pendant les heures où votre présence est obligatoire. Une absence injustifiée, ou le refus de vous soumettre au contrôle, peut interrompre le versement de votre rémunération.

⚠️ Attention si vous êtes fonctionnaire territorial ou hospitalier nommé sur un emploi à temps non complet et non affilié à la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL). Les textes vous excluent du congé de longue maladie et du congé de longue durée : vous relevez du congé de grave maladie, d'une durée de trois ans, avec un an à plein traitement puis deux ans à demi-traitement.

SI LA MALADIE RELÈVE DU CONGÉ DE LONGUE DURÉE

Cinq catégories d'affections ouvrent un congé encore plus long, le congé de longue durée. Il intervient normalement à la suite de la période de congé de longue maladie rémunérée à plein traitement, et cette première année s'impute alors sur lui.

⚠️ Vous pouvez demander à rester en congé de longue maladie plutôt que de basculer, après avis du conseil médical. Ce choix n'est pas neutre : les durées et les taux ne sont pas les mêmes. Comparez avant de décider.

⚠️ Congé de longue maladie et congé de longue durée ne se confondent pas. Le second est réservé à cinq catégories d'affections, dure jusqu'à cinq ans, et sa rémunération est construite autrement. On ne choisit pas librement entre les deux : c'est la maladie qui commande, avec une possibilité de demander à rester en congé de longue maladie.

⚠️ Congé de longue maladie et invalidité ne se confondent pas non plus. Le congé maintient un lien d'emploi et une part de traitement ; l'invalidité relève d'une autre logique et, pour un fonctionnaire, passe par la retraite pour invalidité.

Comment faire ?

Engagez la demande, ou laissez votre administration le faire
Si vous êtes à l'initiative de la démarche, adressez votre demande à votre administration avec un certificat médical établi par un médecin. Votre administration peut aussi engager la procédure de sa propre initiative.
Laissez instruire la demande
Le conseil médical instruit votre demande. Une expertise par un médecin agréé peut être demandée si elle est nécessaire : ce n'est pas une étape systématique de toute première demande.
Attendez l'avis du conseil médical
Il est requis pour la première attribution du congé. Les délais sont longs : demandez tôt, et n'interrompez pas vos arrêts en attendant.
Demandez le renouvellement avant l'échéance
Le congé est renouvelé dans la limite de six mois à chaque fois, sur avis d'arrêt. Depuis le 1er septembre 2026, la seule fin de la période à plein traitement ne déclenche plus la saisine automatique du conseil médical.
Préparez la reprise ou la suite
Reprise, éventuellement à temps partiel pour raison thérapeutique, reclassement, ou bascule vers un congé de longue durée si votre affection en relève.

Documents à préparer

Votre demande écrite de congé de longue maladie (obligatoire si vous êtes concerné) Si vous êtes à l'initiative de la démarche. L'administration peut aussi engager la procédure elle-même.
Un certificat médical établi par un médecin (obligatoire si vous êtes concerné) Si vous êtes à l'initiative de la demande. Le texte n'impose pas qu'il vienne de votre médecin traitant. Il indique que votre état justifie un congé de longue maladie, sans avoir à détailler le diagnostic à votre employeur.
Les pièces réclamées par le conseil médical (obligatoire si vous êtes concerné) Elles vous sont demandées par courrier, avec un délai. Ne le laissez pas passer : un dossier incomplet rallonge l'instruction.

Combien ?

Le traitement indiciaire est maintenu en totalité la première année. Ensuite, cela dépend de votre versant : 60 % pendant les deux années suivantes dans la fonction publique de l'État, 50 % dans la fonction publique territoriale et dans la fonction publique hospitalière.

⚠️ Les primes et indemnités obéissent à des règles distinctes du traitement. Dans la fonction publique de l'État, celles qui relèvent du décret applicable sont maintenues à 33 % la première année, puis à 60 % les deux suivantes. Dans la fonction publique territoriale, il n'existe pas de règle nationale unique : le régime indemnitaire est fixé par délibération de la collectivité, dans les limites de celui de l'État.

Le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence suivent les règles propres aux congés pour raison de santé.

En cas de refus

Deux choses différentes se contestent, et pas au même endroit.

L'avis du conseil médical en formation restreinte peut être contesté devant le Conseil médical supérieur, dans les deux mois suivant sa notification.

La décision prise ensuite par votre administration — refus, non-renouvellement, fin des droits — se conteste selon les voies et délais indiqués sur cette décision, le cas échéant devant le tribunal administratif.

⚠️ Lisez la notification : c'est elle qui fait courir le délai.

À ne pas confondre

Congé de longue maladie et Congé de maladie du fonctionnaire : ce n'est pas la même chose.

Le congé de maladie ordinaire dure au plus douze mois sur douze mois consécutifs, avec 90 % puis 50 % du traitement. Le congé de longue maladie va jusqu'à trois ans, avec une année à plein traitement. On passe de l'un à l'autre sur demande et après avis du conseil médical.

Lire la fiche Congé de maladie du fonctionnaire

Congé de longue maladie et Arrêt de travail et indemnités journalières : ce n'est pas la même chose.

Le congé de longue maladie est un congé statutaire, sans indemnités journalières. ⚠️ Les fonctionnaires territoriaux et hospitaliers à temps non complet non affiliés à la CNRACL font exception : ils relèvent du régime général, et du congé de grave maladie plutôt que de celui-ci.

Lire la fiche Arrêt de travail et indemnités journalières

Congé de longue maladie et Congé de longue durée : ce n'est pas la même chose.

Le congé de longue maladie n'a pas de liste fermée d'affections et dure jusqu'à trois ans. Le congé de longue durée est réservé à cinq catégories et dure jusqu'à cinq ans. La première année de congé de longue maladie à plein traitement s'impute sur le congé de longue durée pour la même affection.

Lire la fiche Congé de longue durée

Sources

Code général de la fonction publique, durée du congé de longue maladie — Légifrance (CGFP art. L. 822-7)
Code général de la fonction publique, renouvellement du droit à congé de longue maladie — Légifrance (CGFP art. L. 822-11)
Code général de la fonction publique, congés pour raison de santé — Légifrance (CGFP art. L. 822-1 à L. 822-30)
Décret relatif au régime de congés de maladie des fonctionnaires de l'État, traitement du congé de longue maladie — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 28-1), mise à jour du 1 septembre 2024
Décret relatif aux médecins agréés, aux conseils médicaux et aux congés de maladie des fonctionnaires de l'État — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 7 et 36)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires de l'État, saisine du conseil médical — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 34)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires de l'État, point de départ du congé de longue maladie — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 35)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires de l'État, recours à un médecin agréé — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 10)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires de l'État, Conseil médical supérieur — Légifrance (Décret n° 86-442 du 14 mars 1986, art. 17)
Décret relatif aux conseils médicaux et aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux — Légifrance (Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, art. 5 et 26)
Décret relatif aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux, point de départ du congé de longue maladie — Légifrance (Décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, art. 25)
Décret relatif aux fonctionnaires territoriaux à temps non complet, congé de grave maladie — Légifrance (Décret n° 91-298 du 20 mars 1991, art. 35 et 36)
Décret déterminant le seuil d'affiliation à la CNRACL des fonctionnaires territoriaux à temps non complet — Légifrance (Décret n° 2022-244 du 25 février 2022, art. 1 et 1-1)
Décret fixant le seuil d'heures minimal pour l'affiliation des fonctionnaires hospitaliers à temps non complet à la CNRACL — Légifrance (Décret n° 2022-754 du 29 avril 2022)
Décret relatif aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière — Légifrance (Décret n° 88-386 du 19 avril 1988, art. 7 et 25)
Décret relatif aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière, point de départ du congé de longue maladie — Légifrance (Décret n° 88-386 du 19 avril 1988, art. 24)
Décret relatif aux fonctionnaires à temps non complet dans la fonction publique hospitalière — Légifrance (Décret n° 2020-791 du 26 juin 2020, art. 9 à 13)
Décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires — Légifrance (Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026), mise à jour du 29 juillet 2026
Décret relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail — Légifrance (Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026), mise à jour du 12 juin 2026
Code de la santé publique, télémédecine et durée des arrêts prescrits à distance — Légifrance (CSP art. L. 6316-1), mise à jour du 27 juin 2026
Rectificatif au décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics — Légifrance (Rectificatif du 8 août 2026), mise à jour du 8 août 2026
Décret relatif au maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État, congé de longue maladie — Légifrance (Décret n° 2010-997 du 26 août 2010, art. 2-1)
Code général de la fonction publique, régimes indemnitaires dans la fonction publique territoriale — Légifrance (CGFP art. L. 714-4 à L. 714-13)
Code général de la fonction publique, prise en compte des congés dans la durée du stage — Légifrance (CGFP art. R. 327-59)
Congés pour raison de santé — Portail de la fonction publique

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Information vérifiée le 29 août 2026. Information vérifiée à la date indiquée. En cas de doute, la source officielle fait foi.

Glossaire des sigles et des termes →

Ce module d'information ne remplace pas un conseil personnalisé. Les organismes cités restent seuls compétents pour instruire vos demandes.