Aides et droits › Aides financières et revenus

Aide

Congé de maladie de l'agent contractuel

Le congé de maladie des agents contractuels de droit public. Votre employeur maintient tout ou partie de votre rémunération, selon votre ancienneté et votre versant, en lien avec les indemnités journalières de la Sécurité sociale.

Nouvelles modalités depuis le 1er septembre 2026 Votre certificat médical est désormais établi et transmis selon les règles applicables aux fonctionnaires de votre versant, avec les plafonds de prescription de 31 et 62 jours. Un contrôle administratif de votre présence devient possible pour les contractuels de l'État et de l'hospitalière ; côté territorial, la rédaction du texte ne permet pas de l'affirmer pour ce congé. ⚠️ Ces règles ne modifient ni les durées de votre congé, ni les taux de rémunération maintenue.

Sigles et termes utilisés dans cette page

inaptitude: Impossibilité médicale d'exercer son emploi ou certaines fonctions. Les règles et l'autorité compétente diffèrent selon que vous travaillez dans le privé ou dans la fonction publique. En savoir plus →
médecin agréé: Médecin inscrit sur une liste administrative, sollicité pour certains examens ou contrôles médicaux des agents publics : procédures de congé, d'inaptitude, ou lorsque des conditions de santé particulières sont exigées pour exercer certaines fonctions.

En bref

Pour qui ?: Les agents contractuels de droit public des trois fonctions publiques. Les fonctionnaires relèvent du congé de maladie du fonctionnaire.
Qui décide ?: Votre administration employeuse, au vu de l'avis d'arrêt de travail établi par un professionnel de santé.
Qui intervient ?: Administration employeuse — décide

Selon votre situation professionnelle

Salarié du privé: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je travaille dans une entreprise privée ou une association. Ce congé suppose un employeur public. Un salarié du privé relève de l'arrêt de travail et des indemnités journalières du régime général.
Fonctionnaire titulaire: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis titulaire dans la fonction publique. Un fonctionnaire titulaire relève du congé de maladie du fonctionnaire, aux conditions et aux taux propres à ce congé.
Fonctionnaire stagiaire: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis en stage avant titularisation. Un fonctionnaire stagiaire relève du congé de maladie du fonctionnaire.
Agent contractuel de la fonction publique: Cette fiche peut vous concerner Je travaille pour une administration, mais je ne suis pas titulaire. Votre versant et votre ancienneté déterminent la durée de votre rémunération maintenue, et les écarts sont importants.
Travailleur indépendant: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis à mon compte : artisan, commerçant, profession libérale, micro-entrepreneur ou exploitant agricole. Ce congé suppose un employeur public. Un travailleur indépendant n'est pas concerné.
Sans emploi: Cette fiche ne correspond pas à votre situation professionnelle Je suis demandeur d'emploi, étudiant, ou sans activité. Sans emploi public en cours, la question ne se pose pas.
Je ne sais pas: Cela dépend de votre situation exacte Mon employeur est une administration mais j'ignore si je suis titulaire. Commencez par déterminer si vous êtes fonctionnaire ou agent contractuel : votre bulletin de paie l'indique. Si vous êtes contractuel, cette fiche est la vôtre, et votre versant comme votre ancienneté comptent.

Dans la fonction publique, les règles diffèrent selon votre versant :

Fonction publique d'État: Ministères, rectorats, préfectures, établissements publics de l'État. Après 4 mois de services, votre rémunération est maintenue jusqu'à 12 mois : 3 mois à 90 % puis 9 mois à 50 %. ⚠️ Le mécanisme des indemnités journalières change avec la date de début du congé. Pour un congé débuté avant le 1er janvier 2027, elles sont coordonnées avec la rémunération maintenue. Pour un congé débuté à compter du 1er janvier 2027, votre administration est subrogée dans vos indemnités journalières lorsque la rémunération maintenue est au moins égale à celles-ci : elle les perçoit à votre place.
Fonction publique territoriale: Communes, départements, régions, CCAS, intercommunalités. La durée dépend de votre ancienneté : après 4 mois de services, 1 mois à 90 % puis 1 mois à 50 % ; après 2 ans, 2 mois à 90 % puis 2 mois à 50 % ; après 3 ans, 3 mois à 90 % puis 3 mois à 50 %. ⚠️ Les prestations en espèces de la Sécurité sociale sont déduites du traitement maintenu, et vous devez en communiquer le montant à votre employeur, qui peut suspendre le versement tant qu'il ne l'a pas.
Fonction publique hospitalière: Hôpitaux publics, EHPAD publics, établissements sociaux et médico-sociaux publics. La durée dépend de votre ancienneté : après 4 mois de services, 1 mois à 90 % puis 1 mois à 50 % ; après 2 ans, 2 mois à 90 % puis 2 mois à 50 % ; après 3 ans, 3 mois à 90 % puis 3 mois à 50 %. ⚠️ Les prestations en espèces de la Sécurité sociale sont déduites du traitement maintenu, et vous devez en communiquer le montant à votre employeur, qui peut suspendre le versement tant qu'il ne l'a pas.

Ce bloc ne regarde que votre situation professionnelle : il ne dit pas si vous remplissez les autres conditions. La page reste lisible dans tous les cas.

En quelques mots

Si vous êtes agent contractuel, vous n'êtes ni tout à fait un salarié du privé, ni tout à fait un fonctionnaire.

Comme un salarié, vous relevez de la Sécurité sociale et pouvez percevoir des indemnités journalières. Comme un fonctionnaire, votre employeur public peut maintenir votre rémunération.

⚠️ Mais ces deux sommes ne s'additionnent pas. Le maintien de rémunération et les indemnités journalières s'articulent pour éviter un double paiement.

Combien de temps vous êtes payé dépend de votre ancienneté et de votre versant, et les écarts sont importants.

Qui peut en bénéficier ?

⚠️ Le point le plus mal compris de cette fiche : le maintien de rémunération par l'employeur public et les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne se cumulent pas. Selon le versant et la date de début du congé, les indemnités sont déduites de la rémunération maintenue, ou perçues par l'employeur à votre place. Au final, le maintien de rémunération et les indemnités journalières ne se cumulent pas intégralement — même si vous pouvez matériellement recevoir les indemnités avant leur régularisation.

COMBIEN DE TEMPS VOUS ÊTES PAYÉ

Cela dépend de votre versant, et l'écart est considérable. Voyez la précision correspondant au vôtre, plus bas : la fonction publique de l'État ouvre un droit beaucoup plus long que la territoriale et l'hospitalière, qui fonctionnent par paliers d'ancienneté.

Dans les trois cas, le décompte se fait sur une période de douze mois consécutifs si vous êtes en service continu, ou sur une période comprenant 300 jours de services effectifs si votre service est discontinu.

⚠️ Dans la territoriale et l'hospitalière, ces douze mois sont le cadre du décompte, pas la durée de votre rémunération. Confondre les deux est l'erreur la plus fréquente.

SI VOUS N'AVEZ PAS ENCORE L'ANCIENNETÉ REQUISE

Vous n'êtes pas sans droit pour autant, et les textes distinguent deux situations qu'il vaut mieux ne pas confondre.

**Vous devez cesser vos fonctions pour raison de santé sans avoir droit à un congé rémunéré.** Vous pouvez alors être placé en congé sans rémunération, pour un an au maximum, si votre incapacité de travail est temporaire. Si l'inaptitude est définitive, ce ne sont pas ces règles qui s'appliquent mais celles du reclassement ou de la fin de fonctions.

**Vous avez épuisé vos droits à congé de maladie ou à congé de grave maladie et restez temporairement inapte.** Le congé sans rémunération peut aller jusqu'à un an, prolongeable de six mois lorsque l'avis médical permet d'envisager une reprise au terme de cette prolongation.

Dans les deux cas, vos indemnités journalières dépendent de vos droits à la Sécurité sociale, pas de votre ancienneté chez votre employeur public.

L'AVIS D'ARRÊT DEPUIS LE 1er SEPTEMBRE 2026

Votre certificat médical doit désormais être établi et transmis selon les mêmes règles que celles applicables aux fonctionnaires de votre versant. Une première prescription est en principe limitée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours, sauf dérogation médicalement justifiée.

⚠️ Ces plafonds de 31 et 62 jours ne s'appliquent pas à Mayotte.

⚠️ En télémédecine, les règles sont plus strictes : la prescription ou le premier renouvellement est en principe limité à 3 jours, et les renouvellements suivants ne peuvent normalement pas être faits à distance. Des exceptions existent.

LES CONTRÔLES

Votre administration peut vous faire examiner à tout moment par un médecin agréé, et le refus de vous y soumettre peut interrompre le versement de votre rémunération.

À compter du 1er septembre 2026, elle peut aussi faire procéder à un contrôle de votre présence à votre domicile ou à votre lieu de repos, en dehors des sorties autorisées ou pendant les heures où votre présence est obligatoire. Une absence injustifiée ou un refus peut également interrompre le versement.

⚠️ Ce contrôle de présence n'est pas prévu partout de la même façon. Il l'est pour les agents contractuels de l'État et de la fonction publique hospitalière. Côté territorial, le texte qui le rend applicable renvoie à d'autres articles que ceux de ce congé : cette fiche ne l'affirme donc pas, plutôt que de corriger le texte à sa place. Le contrôle par médecin agréé, lui, est certain.

SI LA MALADIE EST GRAVE ET LONGUE

Un autre congé existe, le congé de grave maladie, d'une durée pouvant aller jusqu'à trois ans. Ses conditions d'accès diffèrent nettement selon le versant.

⚠️ Congé de maladie de l'agent contractuel et congé de maladie du fonctionnaire ne se confondent pas. Les durées, les taux et les conditions d'ancienneté sont différents, et les textes qui les portent aussi. Votre bulletin de paie indique si vous êtes titulaire, stagiaire ou contractuel.

⚠️ Ne comptez pas sur l'addition du maintien de rémunération et des indemnités journalières. C'est l'attente la plus fréquente, et la plus fausse.

Comment faire ?

Faites établir un avis d'arrêt de travail
Par un professionnel de santé habilité. Depuis le 1er septembre 2026, il obéit aux mêmes règles de prescription que celui des fonctionnaires de votre versant.
Transmettez les volets sous 48 heures
⚠️ Vous relevez de la Sécurité sociale : s'il est établi sur papier, les volets 1 et 2 vont à votre caisse d'assurance maladie et le volet 3 à votre administration. Ce n'est pas le circuit du fonctionnaire, qui envoie les volets 2 et 3 à son employeur.
Délai : 48 heures
Communiquez le montant de vos indemnités journalières
Dans la territoriale et l'hospitalière, votre employeur en a besoin pour calculer ce qu'il vous doit. Sans cette information, il peut suspendre le versement.
Répondez aux contrôles
Examen par un médecin agréé à tout moment. ⚠️ Le contrôle de présence, lui, est prévu pour les contractuels de l'État et de l'hospitalière ; côté territorial, la rédaction du texte ne permet pas de l'affirmer pour ce congé. Un refus peut interrompre votre rémunération.
Anticipez la fin de vos droits
Si votre ancienneté ne vous ouvre qu'un ou deux mois rémunérés, calculez tôt : au-delà, il reste le congé sans rémunération et vos indemnités journalières.

Documents à préparer

L'avis d'arrêt de travail Volets 1 et 2 à votre caisse d'assurance maladie, volet 3 à votre administration.
Le décompte de vos indemnités journalières (obligatoire si vous êtes concerné) C'est lui qui permet à votre employeur de calculer ce qu'il maintient. ⚠️ Pour les agents de l'État dont le congé débute à compter du 1er janvier 2027, l'administration perçoit directement les indemnités journalières si les conditions de subrogation sont remplies.
Un justificatif de votre ancienneté de services, si votre employeur le demande (obligatoire si vous êtes concerné) C'est elle qui détermine la durée de votre rémunération maintenue.

Combien ?

Votre rémunération maintenue dépend de votre ancienneté et de votre versant : voyez la précision qui vous correspond.

⚠️ Les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne viennent pas s'ajouter à cette rémunération.

Dans la fonction publique territoriale et dans la fonction publique hospitalière, les prestations en espèces de la Sécurité sociale sont **déduites** du traitement ou de la fraction de traitement maintenue. Vous devez en communiquer le montant à votre employeur, qui peut suspendre le versement tant qu'il ne l'a pas. Si vos indemnités journalières sont elles-mêmes réduites, votre traitement peut l'être en conséquence.

Dans la fonction publique de l'État, le mécanisme dépend de la date de début de votre congé : voyez la précision du versant, la règle change au 1er janvier 2027.

⚠️ **Deux carences, à ne pas confondre — et qui ne s'additionnent pas.** En principe, le premier jour de votre congé n'est pas rémunéré par votre employeur public : c'est le jour de carence des agents publics. Les indemnités journalières de l'Assurance maladie, elles, ne sont dues qu'à compter du quatrième jour.

Ces deux délais s'appliquent en parallèle : cela ne fait **pas** quatre jours sans rien. Lorsque vous avez droit au maintien de rémunération, celui-ci intervient en principe dès le deuxième jour ; les indemnités journalières arrivent au quatrième, et s'articulent ensuite avec la rémunération maintenue.

Des exceptions au jour de carence sont prévues par la loi, notamment en cas de reprise du travail de moins de quarante-huit heures entre deux congés pour la même cause, ou dans certaines situations liées à une affection de longue durée ou à la grossesse.

Le supplément familial de traitement et l'indemnité de résidence suivent leurs propres règles.

En cas de refus

Le refus de congé, la contestation du maintien de rémunération ou la fin de vos droits se contestent selon les voies et délais indiqués sur la décision qui vous est notifiée, le cas échéant devant le tribunal administratif.

⚠️ Une contestation portant sur vos indemnités journalières relève, elle, de votre caisse d'assurance maladie et non de votre employeur : ce sont deux décisions distinctes, avec deux recours distincts.

À ne pas confondre

Congé de maladie de l'agent contractuel et Congé de maladie du fonctionnaire : ce n'est pas la même chose.

Le congé de maladie du fonctionnaire ouvre jusqu'à douze mois avec 90 % puis 50 % du traitement, sans condition d'ancienneté. Celui de l'agent contractuel dépend de son ancienneté et de son versant, et s'articule avec les indemnités journalières de la Sécurité sociale.

Lire la fiche Congé de maladie du fonctionnaire

Congé de maladie de l'agent contractuel et Arrêt de travail et indemnités journalières : ce n'est pas la même chose.

Un agent contractuel relève bien du régime général pour ses indemnités journalières. Mais celles-ci ne s'ajoutent pas à la rémunération maintenue par son employeur public : selon le versant, elles en sont déduites ou perçues à sa place.

Lire la fiche Arrêt de travail et indemnités journalières

Congé de maladie de l'agent contractuel et Congé de grave maladie : ce n'est pas la même chose.

Le congé de maladie de l'agent contractuel couvre les arrêts courants, pour une durée qui dépend de l'ancienneté et du versant. Le congé de grave maladie va jusqu'à trois ans, avec une année à taux plein.

Lire la fiche Congé de grave maladie

Sources

Décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires — Légifrance (Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026), mise à jour du 29 juillet 2026
Rectificatif au décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics — Légifrance (Rectificatif du 8 août 2026), mise à jour du 8 août 2026
Décret relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail — Légifrance (Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026), mise à jour du 12 juin 2026
Code de la santé publique, télémédecine et durée des arrêts prescrits à distance — Légifrance (CSP art. L. 6316-1), mise à jour du 27 juin 2026
Code général de la fonction publique, congés pour raison de santé — Légifrance (CGFP art. L. 822-1 à L. 822-30)
Décret relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'État — Légifrance (Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986, art. 12 à 17)
Décret relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale — Légifrance (Décret n° 88-145 du 15 février 1988, art. 7 à 11)
Décret relatif aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière — Légifrance (Décret n° 91-155 du 6 février 1991, art. 10 à 14)
Loi de finances pour 2018, jour de carence des agents publics — Légifrance (Loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017, art. 115)
Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié — Assurance maladie
Congés pour raison de santé — Portail de la fonction publique

Ces liens s'ouvrent dans un nouvel onglet.

Information vérifiée le 29 août 2026. Information vérifiée à la date indiquée. En cas de doute, la source officielle fait foi.

Glossaire des sigles et des termes →

Ce module d'information ne remplace pas un conseil personnalisé. Les organismes cités restent seuls compétents pour instruire vos demandes.